Tu ne sais pas du tout configurer un joypad sur un émul, ou c'est ton joypad qui ne fonctionne pas même après l'avoir configuré ?

Pour Snes9X : menu Options -> Joypad configuration
pour Zsnes : menu Config -> Input1 choisi keyb/joystick puis clic sur "Set keys"

Si le problème vient du joypad, la c'est plus grâve car il devrait normalement fonctionner :-