aaaah mais t pas assez précis l'ami!
quels jeux square déconnent chez toi?
chez moi, ff7, ff8, ff9, vagrant story, saga frontier, chrono cross, fforigins, fftactics, front mission 3, parasite eve 2, xenogears marchent tous sur epsxe 1.5.2 sans réglage particulier des manettes (je l'ai pas tous testé avec la 1.6.0 mais chrono cross bug sur cette dernière version).

si tu utilise epsxecutor, reconfigure tes manettes surtout si t'en a 2, car elle s'inversent souvent qd tu en débranche une.

mets bien "digital" dans option/game pad 1 et désactive le multitap si le jeu ne se joue pas à 3 ou 4.